InfoGripe

InfoGripe é uma iniciativa para monitorar e apresentar níveis de alerta para os casos reportados de Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG) no SINAN, o Sistema de Informação de Agravos de Notificação (www.saude.gov.br/sinan). Os dados são apresentados por estado e por regiões de vigilância para síndromes gripais.

Este é um produto da parceria entre pesquisadores do Programa de Computação Científica da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz, PROCC), da Escola de Matemática Aplicada da Fundação Getúlio Vargas (FGV, EMAp), no Rio de Janeiro, e do GT-Influenza da Secretaria de Vigilância Sanitária do Ministério da Saúde (GT-Influenza, SVS, MS).

  • Software livre: GNU General Public License v3
  • Documentação: https://fludashboard.readthedocs.io.
  • Publicações científicas:
    • O modelo estatístico utilizado para estimativa de casos recentes ("nowcasting"), fundamental para reporte de situação oportuna e de qualidade, é baseado no trabalho desenvolvido em colaboração entre pesquisadores da Fiocruz e University of Exeter, UK:
      Bastos L, Economou T, Gomes M, Villela D, Coelho F, Cruz O, Stoner O, Bailey T, Codeço C. (2019). A modelling approach for correcting reporting delays in disease surveillance data, Statistics in Medicine, DOI:10.1002/sim.8303.

Funcionalidades

  • Predição de incidência semanal do tipo nowcasting (predição de casos recentes);
  • Predição para o plano de contingência do tipo nowcasting;
  • Limiares de atividade;
  • Distribuição etária dos casos notificados;
  • Nível de atividade por temporada;
  • Séries históricas.

Tutoriais.


Descrição das funcionalidades.

O InfoGripe apresenta níveis de atividade e informação sobre a série temporal de incidência por semana epidemiológica (SE) e por temporada, além do nível do plano de contingência com base nos dados mais recentes introduzidos no sistema. Estas informações podem ser acessadas em três modos de visualização:

Cada um desses modos é acessado clicando no botão correspondente na barra principal:

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As particularidades de cada modo são detalhadas na seção Modos de visualização.

Em cada um desses modos, as informações são apresentadas em seis painéis:

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Cada painel está descrito em detalhes na seção Painéis.

As informações podem ser visualizadas por estado (UF), região geopolítica ou por padrão de circulação, através dos seletores da barra principal:

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Através do menu Conjunto de dados, o(a) usuário(a) pode escolher entre visualizar os dados relativos ao total de notificações de síndrome respiratória aguda grave (SRAG), SRAG causada por vírus Influenza (SRAGFLU), e óbitos por Influenza (OBITOFLU). Nos últimos dois cenários, são reportados tanto os casos cujo diagnóstico foi laboratorial quanto aqueles com diagnóstico clínico epidemiológico.

O menu Escala permite ao(à) usuário(a) visualizar os dados em termos de incidência por 100 mil habitantes de cada localidade (INCIDÊNCIA) ou em termos do número casos (CASOS)

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Painéis.

Nesta seção descreveremos em linhas gerais as informações apresentadas em cada um dos painéis. As alterações provenientes do modo de visualização selecionado, serão explicitados com maiores detalhes na seção Modos de visualização.

Mapa de situação
Cada estado/região possui uma cor de acordo com o nível de atividade naquela localidade. As classificações dependem do modo de visualização selecionado.
  • Detalhado (semana): nível de atividade semanal, com base nos limiares pré-epidêmico, de atividade alta, e de atividade muito alta;
  • Resumido (ano): classificação da temporada, com base no número de semanas acima dos limiares de atividade semanal;
  • Plano de Contingência atual: nível de ação com base nos critérios definidos pelo GT-Influenza da Secretaria de Vigilância em Saúde do Ministério da Saúde (SVS/MS).
Maiores detalhes sobre cada um desses critérios é apresentado na descrição dos respectivos modos de visualização.
Curva de incidência
Este painel apresenta a série temporal de incidência reportada (curva preta sólida) para a temporada correspondente, com uma linha vertical indicando a SE selecionada. Estimativas de incidência, quando disponíveis, são apresentadas com curva sólida em vermelho, com o intervalo de confiança de 95% representado por linhas pretas pontilhadas. A probabilidade de cada nível de atividade também é apresentado em formato de texto no canto superior esquerdo do gráfico. As cores do mapa correspondem ao nível de maior probabilidade. Além da incidência, neste gráfico apresentamos três linhas horizontais com os limiares de atividade semanal e um esquema de cores de fundo representando os canais endêmicos.
  • Limiares de atividade:
    • Limiar pré-epidêmico (linha verde tracejada): nível de atividade que indica, quando ultrapassado, o início da transmissão sustentada para a temporada atual. Após superar esse patamar, a incidência tende a apresentar crescimento gradual até atingir o pico de incidência para aquele ano;
    • Limiar de atividade alta (linha azul tracejada): nível de atividade a partir do qual a incidência é considerada alta para aquela localidade. Calculado com base em estimativa para o percentil 90 da distribuição de incidência semanal histórica;
    • Nível de atividade muito alta (linha vermelha tracejada): nível de atividade a partir da qual a incidência é considerada muito elevada para aquela localidade. Calculado com base na estimativa para o percentil 97.5 da distribuição de incidência semanal histórica;
  • Esquema de cores do pano de fundo da curva de incidência: O pano de fundo demarca os níveis de atividade típicos para cada semana, como os canais endêmicos. Isto é, representa o perfil histórico da incidência para cada semana. Isso permite identificar o padrão sazonal típico e volume de casos tipicamente esperados em cada SE, facilitando a identificação do período usual de atividade epidêmica e anos com tendência atípica.
    • Zona de êxito (área verde: incidência abaixo do percentil 10 esperado para cada SE;
    • Zona de segurança (área amarela): incidência entre os percentís 10 e 50 (mediana) esperados para cada SE;
    • Zona de alerta (área laranja): incidência entre os percentís 50 e 90 esperados para cada SE;
    • Zona de risco (área vermelha): incidência acima do percentil 90 esperado para cada SE.
    Quando a incidência em uma determinada semana está dentro da região de atividade alta (fundo vermelho), indica que para aquela SE a atividade é atípicamente alta, independentemente dos limiares de atividade. Esta informação é útil para detectar temporadas em que o período epidêmico se inicia antes do usual, por exemplo. Vê as temporadas de 2016 e 2017 para exemplos deste comportamento.
Tabela de incidência
Incidência para a localidade correspondente na SE selecionada, juntamente com o intervalo de confiança de 95% quando o valor reportado for estimado, e percentual dos casos do país observados em cada localidade. Juntamente da incidência e nome da localidade, esta tabela apresenta a situação dos dados selecionados:
  • Estável: dados reportados considerados suficientemente próximos do total casos notificados. Estes dados estão sujeitos a pequenas alterações futuras;
  • Estimado: dados reportados com base em estimativa para a oportunidade de digitação. Isto é, baseado no número de notificações já digitadas no sistema (dados incompletos) e o tempo típico entre notificação na unidade de saúde e digitação desta notificação no sistema. Estes dados podem sofrer alterações futuras, tornando-se estáveis após algumas semanas;
  • Incompleto: dados reportados ainda não são estáveis em função do padrão de oportunidade de digitação observado na localidade selecionada e nosso sistema não é capaz de produzir estimativas confiáveis. Estes dados podem sofrer grandes alterações futuras, tornando-se estáveis após algumas semanas.
Distribuição etária e por gênero
Gráfico de barras para a incidência reportada (sem uso de estimativa) por faixa etária e gênero. No modo de visualização detalhado, os dados são para a SE selecionada. Nos demais modos (resumo e plano de contingência), os dados são para o total do ano em questão.
As informações serão sempre para o conjunto de dados selecionado (SRAG, SRAGFLU ou OBITOFLU), e podem ser tanto em escala de incidência (por 100 mil habitantes em cada faixa etária e gênero) quanto número de casos.
  • Mulheres: barra vermelha;
  • Homens: barra azul;
  • Total: barra amarela

Estas distribuições estão sujeitas a alterações conforme situação reportada na tabela de incidência. Neste painel não apresentamos estimativas, reportando apenas as notificações já digitadas, sejam os dados estáveis ou incompletos.

Intervalo temporal entre eventos de relevância
Esse painel apresenta dados relativos às diversas oportunidades de registro no sistema de informação referente a cada notificação, em forma de boxplots (gráfico de caixas). Para cada oportunidade, a caixa tem como seu limite inferior o percentil 25 da distribuição (q1), como limite superior o percentil 75 (q3) e, no seu interior, inclui uma barra horizontal que representa a mediana (median). Posicionando o cursor sobre cada caixa, os valores de cada uma dessas grandezas é apresentado na tela.
Além disso, também são apresentados os valores mínimo e máximo observados. As oportunidades são todas apresentadas em termos de dias entre os eventos descritos. No caso do modo de visualização detalhado (semana), a distribuição corresponde as notificações ocorridas no ano em questão, até a semana epidemiológica selecionada. Nos demais modos (resumo e plano de contingência), representa os dados referentes a todas as notificações ocorridas no ano em questão.
Estas distribuições estão sujeitas a alterações conforme situação reportada na tabela de incidência. Neste painel não apresentamos estimativas, reportando apenas as notificações já digitadas, sejam os dados estáveis ou incompletos.
Dados laboratoriais
No painel de exames laboratoriais, são apresentadas diversas séries temporais referentes as informações reportas no sistema relativas aos exames realizados com os casosnotificados, utilizando como escala temporal a data de primeiros sintomas do(a) paciente. Os dados apresentados são para o conjunto de dados selecionado (SRAG, SRAGFLU ou OBITOFLU), e são sempre apresentados em termos de número de casos.
São apresentados 8 gráficos neste painel:
  • Situação dos exames: apresenta, por semana epidemiológica, o total de pacientes com resultado positivo para algum dos agentes infecciosos associados à SRAG, total de testes negativos, casos sem teste laboratorial reportado, casos aguardando resultado, e casos sem informação referente a exame laboratorial;
  • Influenza A: número de casos semanais com teste positivo para o vírus Influenza A;
  • Inlfuenza B: número de casos semanais com teste positivo para o vírus Influenza B;
  • VSR: número de casos semanais com teste positivo para o vírus sincicial respiratório;
  • Adenovírus: número de casos semanais com teste positivo para Adenovírus;
  • Parainfluenza 1/2/3: número de casos semanais com teste positivo o vírus Parainfluenza 1, 2 e 3, respectivamente.
Estas distribuições estão sujeitas a alterações conforme situação reportada na tabela de incidência. Neste painel não apresentamos estimativas, reportando apenas as notificações já digitadas, sejam os dados estáveis ou incompletos.

Modos de visualização.

A seguir, detalhamos as funcionalidades de cada modo de visualização.

Panorama Detalhado (semana):

Neste modo de visualização, o(a) usuário(a) pode selecionar o ano e semana epidemiológica de interesse. Com isso, tanto o mapa de situação, quanto a distribuição etária e a tabela de casos irão apresentar os dados referentes aos casos notificados cuja semana de primeiros sintomas corresponde àquela selecionada. A série temporal e os dados laboratoriais irão apresentar os dados do ano em questão até a semana selecionada, com base na semana de primeiros sintomas. Finalmente, o gráfico relativo às oportunidades observadas no sistema de informação serão referentes aos registros cuja dada de notificação é do ano em questão, até a semana selecionada.

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Por exemplo, se o(a) usuário(a) selecionar o ano de 2013 e semana epidemiológica 15, o mapa, distribuição etária e tabela apresentarão a situação referente a todos os casos digitados no sistema e com data de primeiros sintomas correspondente àquela semana epidemiológica. As séries temporais (tanto de casos quanto exames laboratoriais) apresentarão as curvas referentes aos casos digitados cuja data de primeiros sintomas seja naquele ano, até a semana epidemiológica 15. Já os dados do painel do sistema de informação trará a situação das oportunidades referente aos casos digitados no sistema e cuja data de notificação é daquele ano, até a semana epidemiológica 15.

O painel do mapa de situação, nesee modo de visualização, apresenta o nível de atividade semanal, detalhado a seguir:

Mapa de situação da atividade semanal
Cada estado/região possui uma cor de acordo com o nível de atividade para a SE selecionada:
  • Atividade baixa: incidência abaixo do limiar pré-epidêmico;
  • Atividade epidêmica: incidência acima do limiar pré-epidêmico (linha verde tracejada na série temporal) e abaixo do limiar de atividade alta (linha azul tracejada na série temporal);
  • Atividade alta: incidência acima do limiar de atividade alta e abaixo do de atividade muito alta (linha vermelha tracejada na série temporal);
  • Atividade muito alta: incidência acima do limiar de atividade muito alta.
Panorama Resumido (ano):

Neste modo de visualização, o(a) usuário(a) pode selecionar o ano de interesse. Com isso, todos os painéis apresentam dados referentes aos registros cuja data de primeiros sintomas corresponde ao ano selecionado. A única exceção é o painel referente aos intervalos temporais, que apresentam dados referentes aos registros cuja data de notificação corresponde ao ano selecionado, uma vez que estas informações são referentes aos processos de trabalho após a busca do serviço pelo paciente.

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Por exemplo, se o(a) usuário(a) selecionar o ano de 2013, o mapa, série temporal, distribuição etária, tabela e dados laboratoriais apresentarão informações referentes a todos os casos digitados no sistema e com data de primeiros sintomas correspondente aquele ano epidemiológica. Já os dados do painel do sistema de informação trará a situação das oportunidades referente aos casos digitados no sistema e cuja data de notificação é daquele ano.

O painel do mapa de situação, nesse modo de visualização, apresenta a classificação da temporada, detalhado a seguir:

Mapa da Temporada
Cada estado/região possui uma cor de acordo com a classificação da temporada:
  • Baixa: incidência abaixo do limiar pré-epidêmico durante toda a temporada.;
  • Epidêmica: incidência acima do limiar pré-epidêmico ao menos em uma SE porém não superior ao limiar de atividade alta em nenhuma SE;
  • Elevada: incidência acima do limiar de atividade alta entre 1 a 4 SEs;
  • Muito elevada: incidência acima do limiar de atividade alta por ao menos 5 SEs.
Panorama Plano de Contingência atual:

Neste modo de visualização, o(a) usuário(a) visualizará informações referentes o ano corrente, com dados até a SE mais atual registrada no sistema. Com exceção do mapa, as informações são estruturadas de forma similar ao panorama Resumido, porém restritas ao ano mais recente. Com isso, todos os painéis apresentam dados referentes aos registros cuja data de primeiros sintomas corresponde ao ano selecionado. A única exceção é o painel referente aos intervalos temporais, que apresentam dados referentes aos registros cuja data de notificação corresponde ao ano selecionado, uma vez que estas informações são referentes aos processos de trabalho após a busca do serviço pelo paciente.

O painel do mapa de situação, nesse modo de visualização, apresenta o nível de ação referente ao plano de contingência definido pelo GT-Influenza, da Secretaria de Vigilância em Saúde do Ministério da Saúde, detalhado a seguir:

Mapa do Plano de Contingência
Cada estado/região possui uma cor de acordo com o nível de ação definida pelo plano de contingência:
  • Nível basal: quando nenhum dos critérios a seguir forem satisfeitos;
  • Nível 0: casos de SRAG em ascensão por 4 semanas consecutivas e, em ao menos uma delas, na zona de alerta (região laranja no painel da série temporal) ou acima;
  • Nível 1: casos de SRAG por vírus Influenza (SRAGFLU) em ascensão por 4 semanas consecutivas e, em ao menos uma delas, na zona de alerta ou acima;
  • Nível 2: óbitos por vírus Influenza (OBITOFLU) em ascensão por 3 semanas consecutivas e, em ao menos uma delas, na zona de alerta ou acima;
Níveis superiores são ativadados assim que o critério se cumprir, independentemente do nível em que o sistema se encontrava até então. Isto é, pode passar de nível basal diretamente para nível 2, por exemplo, se as condições assim indicarem.
A desativação de cada nível se dará de forma progressiva, atendendo os seguintes critérios:
  • Quando a curva de incidência correspondente (SRAG para nível 0, SRAGFLU para nível 1 e OBITOFLU para nível 2) ao nível atual retornar a patamares da zona de segurança ou êxito por ao menos 2 semanas consecutivas, esse nível será desativado e a curva de incidência do nível imediatamente inferior será analisada.
  • Caso a curva de incidência do novo nível não tenha registrado ao menos duas semanas consecutivas na zona de segurança ou êxito desde a SE de ativação do nível em que o sistema se encontrava, o sistema adotará este nível como o atual. Caso contrário, este passo será repetido com a curva de incidência do nível imediatamente inferior.
A seguir apresentamos um exemplo para ilustrar o procedimento:
  • Suponha que o sistema ativou o nível 2 na SE 16.
  • Nas SEs 20 e 21 o nível registrado (ou estimado) de óbitos por Influenza apresentou valores na zona de segurança, ativando o processo de redução do nível do plano de contingência. O sistema então analisará, primeiramente, a curva de incidência de SRAG por Influenza, que está associada ao nível 1.
  • Se o nível registrado (ou estimado) de SRAG por Influenza não tiver registrado duas semanas consecutivas na zona de segurança ou êxito desde a SE 16, o nível 1 passará a vigorar. Caso contrário, o sistema avaliará a incidência de SRAG, que está associada ao nível 0:
    • Se a incidência de SRAG não tiver apresentado duas semanas consecutivas na zona de segurança ou êxito desde a SE 16, então o nível de ação passará a ser o nível 0. Caso contrário, o sistema migrará para o nível basal.